Budowa kościoła rozpoczęła się w czasie urzędowania biskupa warmińskiego Hermana z Pragi (1338-1349), który obrał zamek w Ornecie za swoją siedzibę. Jej konsekracja pod wezwaniem Boga Wszechmogącego, Chwalebnej Dziewicy Maryi i św. Jana Ewangelisty, odbyła się pod przewodnictwem biskupa warmińskiego Henryka III Sorboma w 1379 roku. Od końca XIV wieku (pierwsza wzmianka pochodzi z 1394 roku) rozpoczęto dostawianie do naw bocznych tej samej wysokości kaplic, szeroko otwartych do wnętrza naw bocznych. W sumie powstało dziesięć kaplic. W 1494 roku kościół został ponownie konsekrowany. Nadano mu wtedy wezwanie świętych Jana Chrzciciela i Jana Ewangelisty. Od XVI wieku wygląd zewnętrzny nie ulegał zmianie. Świątynia była remontowana w 1525 roku, po zakończeniu wojny polsko-krzyżackiej. Mur został wtedy ozdobiony ceramiką ceglaną i zostały dobudowane szczyty kaplic. W 1730 kościół spłonął, podczas odbudowy świątynia otrzymała barokowy wystrój wnętrza. W latach 1889-1909 świątynia została dokładnie wyremontowana, jakkolwiek bez znaczących zmian konstrukcyjnych.
Jest to budowla orientowana, wybudowana w stylu gotyckim, z cegły. Posiada kształt trójnawowej, czteroprzęsłowej bazyliki, bez wydzielonego prezbiterium oraz chóru. Nawa główna jest w nim znacznie podwyższona w stosunku do obu naw bocznych. Po stronie zachodniej znajduje się wieża o wysokości 45 metrów z wejściem głównym, wybudowana na planie kwadratu i wtopiona w korpus główny. Z jej lewej i prawej strony mieszczą się dwie większe, kaplice na planie kwadratu. Od wschodu i zachodu ściany zewnętrzne są opięte szkarpami, w których są wkomponowane mniejsze kaplice, sprawia to wrażenie istnienia czwartej i piątej nawy. Świątynia posiada obecnie osiem kaplic. W lewej nawie Jest umieszczona kaplica Świętego Krzyża, Zwiastowania oraz Maryjna (Mariacka), w prawej: „ciemna” zwana również Błogosławionej Dziewicy, Trzech Króli, świętych Piotra i Pawła, Matki Bożej Częstochowskiej, św. Katarzyny. Nad elewacjami są wybudowane rzędy szczytów bocznych zakończonych sterczynami o czworokątnym trzonie. Załamania dachowe kaplic posiadają daleko wysunięte „rzygacze” wody. Zewnętrzne ściany są udekorowane szerokim ceglanym fryzem z glazurowanej cegły z lat 1390-1450 o kilku strefach, z płaskorzeźbami głów męskich i kobiecych (znajdują się od strony ulicy). Wnętrze kościoła jest nakryte sklepieniem wielogwiaździstym. W różnych miejscach świątyni zachowały się malowidła z XIV i XV w. ścienne w stylu gotyckim, które są pozostałością pierwotnego wystroju malarskiego. Najbardziej interesujące z nich to: Koronacja Najświętszej Maryi Panny (około 1380 roku, zasłonięta przez ołtarz Św. Rodziny), Panny Mądre i Głupie (około 1420-1440), św. Anna Samotrzeć w towarzystwie świętych Jana Ewangelisty i Jakuba Większego (koniec XV wieku) oraz Męczeństwo św. Sebastiana (początek XVI wieku), pozostałe zostały przemalowane na początku XX w.
Barokowy ołtarz główny został wykonany w 1744 roku w reszelskim warsztacie Jana Chrystiana Schmidta. Umieszczony jest w nim współczesny obraz Matki Boskiej Ostrobramskiej, powyżej obraz św. Elżbiety Turyngskiej z II poł. XIX w. oraz barokowe tabernakulum z 1700.
Ołtarze boczne reprezentują styl neogotycki. Po lewej stronie jest umieszczony ołtarz św. Elżbiety Węgierskiej, patronki Ornety, natomiast po prawej, Najświętszego Serca Pana Jezusa. Dwa rokokowe ołtarze są umieszczone przy filarach środkowych. Po prawej stronie znajduje się ołtarz Matki Bożej Różańcowej, wykonany w 1761 roku przez tolkmickiego artystę Krzysztofa Perwangera, natomiast po lewej – ołtarz Świętej Rodziny, wykonany w 1764 roku przez braniewskiego artystę Jana Freya. W kaplicy mariackiej jest umieszczony także ołtarz z marmuru z 1646 roku (do 1814 roku był umieszczony w braniewskim kościele jezuitów), natomiast w kaplicy świętych Piotra i Pawła, jest umieszczony najstarszy w świątyni, ołtarz z 1617 roku. W nawie środkowej, z lewej strony jest umieszczona barokowa ambona, wykonana w 1744 roku, podobnie jak ołtarz główny, w w reszelskim warsztacie Jana Chrystiana Schmidta.
